|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
|
|
|
Analysis of single-cell genomic data of Saccinobaculus sp.
Gajdošová, Petra ; Treitli, Sebastian Cristian (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Pokrok v metodách jednobuněčné genomiky a metagenomiky nám umožňuje prozk- oumat nekultivovatelné organizmy mnohem podrobněji. V této práci se zaměřujeme na sestavení genomu a genetický kód druhu Saccinobaculus ambloaxostylus ze skupiny oxymonád, který obývá zadní střevo dřevožravých švábů rodu Cryptocercus. Pomocí celogenomové amplifikace jsme získali sekvenční data tří vybraných buněk S. ambloax- ostylus. Získaná data byla použita k sestavení genomu za použití programu SPAdes. Sestavený genom byl následně rozdělen do přihrádek "košů" a dekontaminován, abychom odstranili potenciální bakteriální nebo eukaryotickou kontaminaci. Po dekontaminaci a opětovném sestavení genomu jsme získali genom s celkovou délkou ∼417Mbp, který byl distribuován mezi ∼185 tisíc fragmentů. I přes to, že jsme získali jenom částečný genom s předpokládanou úplností 13,71%, jsme se pokusili určit genetický kód, který používá S. ambloaxostylus. K tomu jsme vymodelovali 33 genů z různých metabolických drah. Porovnáním genových modelů a konzervovaných úseků u homologických proteinů příbuzných oxymonád jsme odhadli, jaké aminokyseliny kódují kanonické stop kodony. Naše výsledky naznačují, že tento organizmus používá genetický kód č. 6 známý napřík- lad u nálevníků, ve kterém jsou stop kodony UAA a UAG přeloženy jako glutamin....
|
|
|
Functional annotation of non-model bacteria based on sequential homology
Polakovičová, Petra ; Musilová, Jana (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
|
|
|
Limitations of variant consequence predictors
Břicháčková, Kateřina ; Daněček, Petr (vedoucí práce) ; Kolář, Michal (oponent)
Díky mnohým rozsáhlým sekvenačním projektům se množství nalezených genomických variant stále zvyšuje. Klíčovým krokem v analýze těchto dat je jejich funkční ano- tace, jež pomáhá varianty kategorizovat, filtrovat a prioritizovat pro další výzkum. Tato práce seznamuje s pěti běžně používanými programy pro určování důsledků vari- ant, poskytuje rady, jak je používat, a stručně představuje algoritmy, které používají. Mimo to jsou zde popsány různé datové formáty, genomové anotace a lidský referenční genom. Správnost reference je velice důležitá, neboť na ní spoléhají všechny programy. Práce upozorňuje na určité situace, ve kterých se výsledky z různých programů mohou navzájem lišit. Pro všechny testy byla použita Ensembl genová anotace (release 92) a referenční genom GRCh38.
|
host ::
RSS.